أدى انتشار استخدام المبيدات في مكافحة الآفات إلى ظهور أضرار عديدة، مما جعل استخدامها موضع انتقاد للأسباب التالية:
المبيدات المتخصصة مرتفعة التكلفة، والمبيدات العامة تقتل الأعداء الحيوية أيضًا.
ظهور آفات جديدة كانت ثانوية وأصبحت رئيسية ومدمرة للمحاصيل.
مقاومة الآفات للمبيدات عند تكرار استخدامها.
تلوث البيئة وبقاء المبيدات فيها لفترات طويلة، ما يضر بالكائنات المفيدة.
انتقال متبقيات المبيدات إلى الإنسان والحيوان وتراكمها في الجسم مسببة أمراضًا خطيرة.
انخفاض إنتاج المحاصيل نتيجة سمّية بعض المبيدات للنبات.
ضررها الكبير على النحل والأسماك والكائنات البحرية.
وبذلك تُعد المبيدات “سموماً اقتصادية” — فهي مفيدة إذا استُخدمت بشكل صحيح في الوقت والمكان المناسبين، لأنها تقلل من خسائر الآفات وأضرار التسمم الناتجة عنها.